감사원(원장 최재형)은 지난달 31일 이 같은 내용이 포함된 '2017회계연도 결산검사결과 보고'를 국회에 제출했다.
'국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률' 시행령·시행규칙은 각 부처가 경쟁입찰이나 수의계약을 하기 전 미리 예정가격을 결정할 때 부가가치세도 포함하도록 하고 있다. 동시에 부가가치세법과 같은 법 시행령은 학술·기술 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체가 연구와 관련해 실비나 무상으로 공급하는 재화·용역에 대해선 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 면세사업자와 연구용역 계약을 맺을 때에는 부가가치세를 포함해 연구용역 계약대금이 지급되지 않도록 계약서 등에 부가가치세 포함 여부를 명확히 해야 하며, 계약 금액에 부가가치세가 포함돼 있으면 부가가치세를 공제한 뒤 대금을 지급해야 한다.
그러나 2013년 2월~지난해 7월 법무부가 학술연구단체와 연구용역 계약을 맺고 대금을 지급한 32건(6억350만원 지급)을 감사원이 확인한 결과, 그 중 12건(2억2600만원 지급)은 계약서에 부가가치세가 포함돼 있는 것으로 명시하고도 해당 부가가치세를 공제하지 않은 채 대금을 그대로 지급한 것으로 나타났다. 나머지 20건(3억4750만원)의 경우 부가가치세 포함 여부가 불명확해 계약의 적정성을 확인하기 어려웠다는 게 감사원의 설명이다.
감사원은 법무부에 "면세사업자와 연구용역계약을 체결할 때에는 계약 금액에 부가가치세 포함 여부를 명확히 기재하고, 면세사업자에게 부가가치세를 포함해 계약 대금을 지급하는 일이 없도록 관련 업무를 철저히 하라"며 문제가 된 12건에 대해 부가가치세 2054만원을 환수하도록 시정을 요구했다.
법제처도 면세 대상 용역 계약에 부가가치세액을 포함해 체결했다가 감사원으로부터 주의요구를 받았다. 법제처는 6개 비영리법인과 부가가치세액 2737만원을 포함한 3억113만원에 6개 연구용역 계약을 체결한 뒤 용역 수행기관에 전액을 지급했다.
감사원은 예산 편성·집행과 관련해 대법원에 △각급 법원 공보관실 운영비 편성 부적정 △부산지법 서부지원의 엑스레이 화물검색기 분할 수의계약 부적정 등을 이유로 주의를, 헌법재판소에는 △고용부담금 등 지출 업무처리 부적정을 이유로 주의를 요구했다.
법령 및 제도 운영과 관련해서는 위치추적 전자장치(전자발찌) 부착명령을 받은 성범죄자에게 2016년 7월 야간 외출제한 시간(오후 11시)을 임의로 연장해줬다가 추가적인 성폭행 범죄(강간 등 상해)를 예방하지 못한 보호관찰소 직원에 대해 지도·감독 업무 태만을 이유로 법무부에 징계를 요구한 것을 비롯해 △교정시설 내 금지물품 보안검사 부적정 △출입국심사 업무처리 및 기록관리 부적정 등을 이유로 주의를 요구했다.
정부는 감사원의 검사를 거친 국가 세입·세출 결산을 다음 회계연도 5월 31일까지 국회에 제출해야 한다. 결산은 국회 소관 상임위원회 예비심사와 예산결산특위 심사를 거쳐 본회의에서 처리하게 된다. 결산 심사 결과 위법·부당한 사항이 있으면 국회는 해당 기관에 △변상 △징계 △시정 △주의 △제도 개선을 요구할 수 있고, 해당 기관은 요구사항을 지체없이 처리한 뒤 국회에 그 결과를 보고해야 한다.